新約書卷根據其重要性及其最終被認可的時間,在正典中確定了各自的位置。自然地,四部福音位居首位,其後是宗徒大事錄;默示錄則構成了正典的結尾。然而,在一些特定的抄本中,部分書卷所佔的位置與我們現今的正典不同。例如,在西奈抄本中,宗徒大事錄被置於保祿宗徒書信之後。在第四世紀之前,希臘教會將公函安排在保祿宗徒書信之後。「公函」這一稱謂最初僅指伯多祿前書與若望一書,直到凱撒利亞的歐瑟伯時代(第四世紀),這一稱謂才開始應用於全部七封書信。自亞歷山大里亞的聖亞大納削時代(第四世紀中葉)起,公函在希臘教會中取得了它們現在的位置。與此同時,在西方,它們仍然被置於保祿宗徒書信之後。甚至在一些抄本中,默示錄被排在保祿宗徒書信之前,乃至宗徒大事錄之前。特別是,福音書在不同抄本中也以不同的順序出現。例如,一些抄本無疑將宗徒置於首位,將福音書按此順序排列:瑪竇、若望、馬爾谷、路加;或者,賦予若望福音特殊尊榮,將其置於首位。另一些抄本則將篇幅最短的馬爾谷福音放在最後。在保祿宗徒的書信中,最初在正典中佔據首位的是兩封致格林多人書,而致羅馬人書則居末位(穆拉托里殘卷與德爾圖良)。然而,自歐瑟伯時代起,致羅馬人書取得了首位——無論就其篇幅,還是就其致函教會的重要性而言,確實當之無愧。在四封私人書信(弟茂德前書、弟茂德後書、弟鐸書、費肋孟書)的編排上,顯然是根據它們大致相等的篇幅來決定的。致希伯來人書在東方被列為保祿宗徒書信中的第十四封,在西方則為第十封。可以理解,西方教會在公函中將伯多祿宗徒的書信置於首位。而東方教會將雅各伯書信置於首位,很可能參考了保祿宗徒對宗徒們的列舉(迦2:9)。