整個中世紀期間，正典始終無可爭議，尤其是新約書卷相對較少由私人閱讀，而在禮儀中僅誦讀特定的選段或部分。普通民眾更熱衷於閱讀聖人傳記，天主教會甚至對某些團體（如瓦勒度派）表現出的讀經興趣抱有幾分疑慮，有時甚至禁止以方言閱讀聖經。然而，在中世紀末期，人文主義復甦了對新約著作的疑慮，這些疑慮在最初幾個世紀本就曾是爭論的主題。宗教改革則更強烈地對某些新約著作提出了異議。路德在其新約譯本（1522年）的新約各書前言中，表達了他對這些書卷價值的看法。例如，他認為致希伯來人書並非宗徒所著，雅各伯書亦然。他也不承認默示錄與猶達書的真實性。路德的門徒在對待各種新約著作時更為嚴苛，甚至開始明確地將「偽經」著作從新約正典中區分出來：直至十七世紀初，路德宗的聖經甚至未將伯多祿後書、若望二書與三書、猶達書以及默示錄列為正典。此後，這種對著作的區分才逐漸消失，古老的新約正典得以恢復。然而，十七世紀末，出現了關於新約正典的批判性著作，其中對許多新約書卷的真實性提出了異議。十八世紀的理性主義者（如塞姆勒、米夏埃利斯、艾希霍恩）以同樣的精神撰寫著作，而十九世紀，施萊爾馬赫對保祿部分書信的真實性表示懷疑，德‧韋特否認了其中五封書信的真實性，而F•C•鮑爾則認為整個新約中，只有保祿宗徒的四封主要書信以及默示錄是真正的宗徒著作。
由此，在西方新教內部，再次出現了與基督教會在最初幾個世紀所經歷的相同情況：一些書卷被承認為真正的宗徒著作，而另一些則被視為有爭議。甚至形成了一種觀點，認為新約僅僅是早期基督教文學作品的彙編。在此背景下，F•C•鮑爾的追隨者——B•鮑爾、洛曼和施特克——發現已不可能承認任何一部新約書卷是真正的宗徒著作……然而，新教中最傑出的思想家們看到了鮑爾學派（或稱圖賓根學派）正將新教拖入何等深淵，並提出了有力的異議來反駁其立場。因此，利奇爾駁斥了圖賓根學派關於早期基督教發展自「伯多祿派」與「保祿派」鬥爭的基本論題，而哈納克則證明，新約書卷應被視為真正的宗徒著作。在恢復新約書卷於新教徒心目中的地位方面，學者B•魏斯、戈德和T•察恩貢獻更多。「多虧了這些神學家，」巴特說，「如今無人能再奪走新約的這一優勢：即我們唯有在其中，也僅在其中，才能獲得關於耶穌以及在祂內天主啟示的記載。」（《新約導論》，1908年，第400頁）。巴特認為，在思想如此混亂的當下，新教尤其需要擁有一部「正典」，作為天主所賜予的信仰與生活指南，他總結道，「我們在新約中擁有它。」（同上）
的確，新約正典對於基督教會具有巨大——甚至可以說無可比擬——的意義。在其中，我們首先找到了一些著作，它們呈現了基督教與猶太民族（瑪竇福音、雅各伯書以及致希伯來人書）以及與外邦世界（致得撒洛尼人前、後書、致格林多人前書）的關係。此外，在新約正典中，我們還擁有旨在消除某些危險的著作：這些危險來自於對基督教的猶太化理解（致迦拉達人書）、來自猶太法律主義的禁慾思想（致哥羅森人書），以及來自外邦人將宗教團體理解為一個可以脫離教會團體而生活的私人圈子（致厄弗所人書）的傾向。致羅馬人書指明了基督教的普世使命，而宗徒大事錄則展示了這一使命在歷史中是如何實現的。總之，新約正典的各書卷為我們提供了一幅初期教會的完整圖景，從各方面描繪了它的生活與任務。假如作為一個試驗，我們想從新約正典中移除任何一卷書，例如致羅馬人書或致迦拉達人書，我們將因此對整體造成實質性的損害。顯然，聖神引導了教會逐步確立正典的組成，使得教會將那些真正的宗徒著作納入其中，而這些著作的存在正是由教會最根本的需求所催生的。